El objetivo principal del juego es convertirse en el campeon de Kanto al derrotar a los cuatro mejores entrenadores Pokémon de la region, la Elite Four/Alto Mando.
El juego nos sitúa en Sinnoh, una región aislada de todas las anteriores donde encontraremos nuevos Pokémon. Al comienzo, gracias al Profesor Serbal obtendremos nuestro primer Pokémon, a elegir entre Turtwig (Pokémon de tipo planta), Chimchar (Pokémon de tipo fuego) y Piplup (Pokémon de tipo agua).
La subtrama más destacada involucra al Equipo Aqua y al Equipo Magma , sindicatos criminales que buscan usar Pokémon para alterar el clima de Hoenn: en Rubí , el Equipo Magma, villano, busca usar al legendario Pokémon Groudon para secar los océanos de Hoenn y aumentar la masa continental de la región; en Zafiro , el Equipo Aqua es el villano e intenta usar a la contraparte de Groudon, Kyogre , para inundar las masas continentales de Hoenn y aumentar la masa oceánica de la región.
